水晶除了用来装饰之外，部份人会利用水晶所发出的能量来改善运程、加强运势，甚至乎治病等等，所以小心保养水晶是有必要的，因为水晶如受到污染，便会破坏到其功效及本身应有的光彩。
水晶的保养称为清洗，即消磁和净化。无论你把水晶作为饰物、摆设或幻想使用水晶的神奇力量，水晶买回来均需要先清洗才能达到有效的作用。
水晶的五大特质——记忆、储存、扩大、转换、聚焦。
刚买来的水晶，由于水晶会记忆所有和它接触过的人事物，因此一块水晶原石可能保留了采矿工人，矿主，商人，搬运工人，零售商或雕磨师父等等的记忆，也许有些不好的记忆，甚至会影响到水晶拥有者，所以要净化，天然水晶一定要与水晶拥有者亲自帮它净化才有用，否则就白废力气，且也不要相信所谓的大师加持，他们都只会趁机坑你钱呢！
水晶戴久了，或是使用水晶疗法，容易吸引负性能量，所以也要做水晶的净化喔！也有人称消磁法！可以恢复原来的磁场。一般来讲净化时间约１个月一次就可以了！如果是用来治病的话，每星期就要净化一次。还有，当水晶摸起来有粘腻感，就记得要赶快净化了！
1。日光净化法：利用阳光直接照射，最好在早上到中午前左右的阳光是最适当，约2小时，如果不小心超过时间也没关系，但是一定要在日落前收回来。（紫晶和粉晶不宜！会褪色）
2。月光净化法：听说最好用满月时晒比较好（利用日、月之阴阳离子消磁法最好，既可消磁，又可增强水晶能量）。
3。泡盐水：要用海盐，也就是粗盐，用干净无污染的水去泡一晚，隔天再用干净的水冲干净，此法对于有金属或绳子的水晶来说，要少用，因为盐会侵蚀金属或绳子喔！干净的水可以选用一般的矿泉水或RO逆渗透或蒸馏水都可以。
4。亲近自然法：出游时，将水晶放在溪水中让它接近大自然，补充能量。
5。埋入土中：可以利用干净不会有污水流过的泥土，埋入约3-10天，因为土壤是具有生育的强力能力，而可以夺取毒素，并吹入巨大的能量；如果担心脏掉，可用植物纤维的布料予以包扎，再埋入土里。
6。埋入雪中：这也可以，只要是干净的雪，在大自然中的雨、雪、光、溪水等等，都可以让水晶净化。
7。自来水冲洗：就是将水晶矿石放在水龙头下冲洗个十几、二十分钟。可是，这会浪费许多水资源，除非状况紧急又无其它替代方法时，并不建议此种方法。
8。念佛净化：对着水晶诚心诵念你熟悉的佛经、佛咒，诸如《金刚经》、《大悲咒》、《心经》、《地藏经》、《弥陀经》等等，没什么范围规定，只要是你熟悉的、你觉得好的经咒就可以。连续诵念49遍最好，如果时间不够，3、5遍也行。
9。寺庙过火：就是到一些供奉、祭拜正神的寺、庙、宫、观，把水晶在其香炉上”左三圈、右三圈”，转一转，就可以了。注意是要拜”正神”的庙噢，不是拜”阴神”，甚至拜”邪神”、”邪灵”的庙噢！
10。净香消磁法：就是用檀香、沉香，点一盆在水晶旁，点燃了，藉其香料所燃出来的烟，即可净化其周遭的能量场。事实上，净香消磁法可能是所有消磁方法中最方便、最有效力的方法噢！一般在各水晶矿石店，东西又多又大，那动辄数百公斤的矿石如何能轻易搬动去晒太阳、去泡海盐呢？净香消磁法就是店家们最常使用的方法。
11。利用晶簇：放在晶簇、晶洞中，利用品簇、晶洞释放之正磁场清除水晶的负能量，让它重新充电，放置时间约一晚左右即可。
12。天然水晶六角晶柱净化：六角晶柱他的尖端部份气场特别强，可以使用四根六角晶柱来作净化，也属于很有效的净化方式之一。首先，将四根六角晶柱的尖端朝内摆，四根分别摆饰方位，分别如东西南北这样的摆置，中间的位置则放置要净化的水晶，如此摆置一晚就可以了。
补充：
净化水晶的过程，虽然海盐效果奇佳，但正负能量一并消磁，海盐净化除必要性外尽量少用。比如用黑曜岩带右手常用来吸收身体排出的负能量、吸收病气，则用海盐净化比较合适；左手带黄水晶用来求财，则不该用海盐净化。
生病或情绪不佳时，会传递不佳的频率在水晶上，如果可以，最好暂时不戴水晶，当情绪好转或身体健康时赶快把水晶净化，免得较多的负能量与身体有过久的共振。
虽然有净化过，往家里某个位置一放，就经年累月不管了，常看到水晶上沾满了灰尘，甚而蜘蛛网，这中间若有过不愉快、吵架，保证频率会被水晶吸收且放大转换输出，本来偶尔吵架，买了水晶之后，变成常吵架，本来是应该善用水晶来改善家庭频率，水晶却变成负面的影响力，所以要每一个多月就净化一次。
家中的卧室应避免摆放水晶，除紫、白、粉三种水晶且尽量是呈水晶球或圆串珠，其余水晶不宜放在卧室。
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